Sergant šia liga padidėja miokardas (širdies raumuo), todėl padidėja dalis širdies. Be to, būdingas simptomas yra nereguliarus širdies plakimas (širdies aritmija). Sergant šia liga taip pat padidėja spaudimas širdies prieširdžiuose ir venų sistemoje. Dėl to kraujas užsistovi ir plaučiuose, o plaučiuose yra per didelis kraujo srautas. Tai gali pasireikšti ir krūtinės skausmu, panašiu į krūtinės anginą.
Be to, žmogui sunku kvėpuoti, kuris yra apsunkintas. Kai kuriais kraštutiniais atvejais plaučiai gali net pabrinkti. Esant pernelyg dideliam fiziniam aktyvumui, hipertrofine kardiomiopatija sergantiems žmonėms taip pat gali atsirasti sąmonės sutrikimų, konkrečiai - trumpalaikis sąmonės netekimas. Vienas iš netipinių ligos simptomų yra vadinamasis pleuros išsiliejimas krūtinėje tarp pleuros ir plaučių. Tačiau ši būklė iš tiesų yra labai reta.