Kiaušidžių cistų gydymas priklauso nuo cistos tipo, priežasties, dydžio, moters amžiaus. Nuo cistos sugavimo, stebėjimo iki operacijos.
Dauguma vaisingo amžiaus moterims pasitaikančių cistų yra funkcinės cistos. Jos natūraliai išnyksta per 3 mėnesius, nors gali sukelti komplikacijų.
Jei cista neplyšta arba sukelia kraujavimą, būtinas chirurginis gydymas.
Gydymą gali sudaryti vaistai, mažinantys cistą, nesteroidiniai vaistai nuo uždegimo ir vaistai nuo skausmo.
Kai cistos kartojasi, skiriamos kontraceptinės tabletės, kad būtų užkirstas kelias ovuliacijai ir naujų cistų susidarymui.
Įtarus vėžį, dažnai atliekama laparoskopija, kad cistos būtų pašalintos.
Chirurginio pašalinimo metu cista pašalinama per pjūvį ir paimamas mėginys biopsijai, kad būtų paneigtas vėžys.