Skilvelių pertvaros defektas gali ir nepasireikšti, jei tai labai mažas defektas. Net iki 30 proc. tokių nedidelių skilvelių defektų paprastai savaime užgyja, kartais aortos vožtuvo nepakankamumo susidarymo sąskaita. Tačiau dažniausiai šie širdies defektai pasireiškia kvėpavimo ir širdies ir kraujagyslių sistemose. Kvėpavimo atveju problema yra apsunkintas kvėpavimas ar net dusulys, ypač padidėjus fiziniam aktyvumui. Kartais net būna odos melsvumas.
Taip pat susimaišo deguonimi ir deguonimi prisotintas kraujas. Kraujas keliauja po visą kūną arba į plaučius (priklausomai nuo slėgio dydžio), kad toliau būtų prisotintas deguonimi, todėl organizme atsiranda deguonies trūkumas. Tai pasireiškia melsvumu. Taip pat kyla problemų dėl nereguliaraus širdies ritmo, vadinamų širdies aritmijomis. Taip pat jaučiamas pernelyg didelis nuovargis, o vaikai, turintys šią širdies ydą, paprastai apskritai blogai vystosi, jiems sunku priaugti svorio ir sustiprėti.